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技术宝典— 综合类
找MiRNA的Target之基础攻略!

 MiRNA因为已经研究得比较烂了,所以现有很多个网站是可以进行MiRNATarget预测的,但具体预测的效果怎么样,就参差不齐了。我们采用的办法就是简单的交集法。说简单点,其实就是把几个网站上预测出来的Target基因导出到Excel上,来取交集。所以我说这是个体力活……

 

比较有名的MiRNA靶基因预测的网站有这样几个,首先就是TargetScan,这个网站包含了大量的MiRNA的靶基因的预测,但有一点,有可能会搜出你未必需要的MiRNA的靶基因,需要到Excel里去筛选一下。输入的时候,需要输入Mir-,以表示是人的MiRNA

 

 

其次比较常用的PicTarhttp://pictar.mdc-berlin.de/),其实也是一个数据库类型的网站,也可以预测MiRNA的靶基因。下拉菜单中选出MiRNA的名字,点击“search for Target of MiRNA”即可。

 

 

后不得不提的是MiRandahttp://www.microrna.org/microrna/home.do),其实是一个网页版的应用,也可以搜出大量的MiRNA的靶基因。

 

 

 

 


 

 

 

 

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