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技术宝典— qPCR
qPCR 引物篇 02 ------ BioTNT qPCR 引物设计基因查询

确定目标基因的形态:DNA or RNA
查找目标基因
比对目标基因同源性和特点
选取目标基因序列
选取目标基因的目标区段

1、mRNA 序列的查询;
 
以查大鼠cort为例;
先登录美国国立生物信息库网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
在Nucleotide中,搜索rat cort
 
在NCBI上搜索到目的基因,找到该基因的mRNA

 

把以下内容存成txt文件:
 
Rattus norvegicus cortistatin (Cort), mRNA

 

LOCUS       NM_012835                438 bp    mRNA    linear   ROD 11-FEB-2008
DEFINITION Rattus norvegicus cortistatin (Cort), mRNA.
ACCESSION   NM_012835
VERSION     NM_012835.1 GI:6978682
KEYWORDS    .
SOURCE      Rattus norvegicus (Norway rat)
 ORGANISM Rattus norvegicus
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia;
            Sciurognathi; Muroidea; Muridae; Murinae; Rattus.
REFERENCE   1 (bases 1 to 438)
 AUTHORS   Xidakis,C., Mastrodimou,N., Notas,G., Renieri,E., Kolios,G.,
            Kouroumalis,E. and Thermos,K.
 TITLE     RT-PCR and immunocytochemistry studies support the presence of
            somatostatin, cortistatin and somatostatin receptor subtypes in rat
            Kupffer cells
 JOURNAL   Regul. Pept. 143 (1-3), 76-82 (2007)
   PUBMED   17481746
 REMARK    GeneRIF: RT-PCR and immunocytochemistry studies support the
            presence of cortistatin in rat Kupffer cells.
REFERENCE   2 (bases 1 to 438)
 AUTHORS   Bourgin,P., Fabre,V., Huitron-Resendiz,S., Henriksen,S.J.,
            Prospero-Garcia,O., Criado,J.R. and de Lecea,L.
 TITLE     Cortistatin promotes and negatively correlates with slow-wave sleep
 JOURNAL   Eur. J. Neurosci. 26 (3), 729-738 (2007)
   PUBMED   17686045
 REMARK    GeneRIF: The capacity of CST-14 to increase SWA, together with
            preprocortistatin's inverse correlation with time spent in SWS,
            suggests a potential role in sleep homeostatic processes.
REFERENCE   3 (bases 1 to 438)
 AUTHORS   Deghenghi,R., Avallone,R., Torsello,A., Muccioli,G., Ghigo,E. and
            Locatelli,V.
 TITLE     Growth hormone-inhibiting activity of cortistatin in the rat
 JOURNAL   J. Endocrinol. Invest. 24 (11), RC31-RC33 (2001)
   PUBMED   11817718
REFERENCE   4 (bases 1 to 438)
 AUTHORS   de Lecea,L., Criado,J.R., Prospero-Garcia,O., Gautvik,K.M.,
            Schweitzer,P., Danielson,P.E., Dunlop,C.L., Siggins,G.R.,
            Henriksen,S.J. and Sutcliffe,J.G.
 TITLE     A cortical neuropeptide with neuronal depressant and
            sleep-modulating properties
 JOURNAL   Nature 381 (6579), 242-245 (1996)
   PUBMED   8622767
COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
            NCBI review. The reference sequence was derived from U51919.1.
           
            Summary: inhibits growth hormone secretion; may act as a
            neuropeptide to mediate signaling via a somatostatin receptor
            subtype [RGD].
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..438
                     /organism="Rattus norvegicus"
                     /mol_type="mRNA"
                     /strain="Sprague-Dawley"
                     /db_xref="taxon:10116"
                     /chromosome="5"
                     /map="5q36"
     gene            1..438
                     /gene="Cort"
                     /note="cortistatin"
                     /db_xref="GeneID:25305"
                     /db_xref="RATMAP:41189"
                     /db_xref="RGD:2383"
     CDS             30..368
                     /gene="Cort"
                     /note="Preprocortistatin"
                     /codon_start=1
                     /product="cortistatin"
                     /protein_id="NP_036967.1"
                     /db_xref="GI:6978683"
                     /db_xref="GeneID:25305"
                     /db_xref="RATMAP:41189"
                     /db_xref="RGD:2383"
                     /translation="MGGCSTRGKRPSALSLLLLLLLSGIAASALPLESGPTGQDSVQD
                     ATGGRRTGLLTFLAWWHEWASQDSSSTAFEGGTPELSKRQERPPLQQPPHRDKKPCKN
                     FFWKTFSSCK"
     sig_peptide     30..110
                     /gene="Cort"
     mat_peptide     324..365
                     /gene="Cort"
                     /product="cortistatin-14"
ORIGIN     
        1 aaagcacaga cttcaggtct ccaaggagga tgggtggctg cagcacaaga ggcaagcggc
       61 cgtcagccct cagtctgctg ctgctgctgc tgctctcggg gatcgcagcc tctgccctcc
      121 ccctggagag cggtcccacc ggccaggaca gtgtgcagga tgccacaggc gggaggagga
      181 ccggccttct gactttcctt gcctggtggc atgagtgggc ttcccaagac agctccagca
      241 ccgctttcga agggggtacc ccggagctgt ctaagcggca ggaaagacca cccctccagc
      301 agcccccaca ccgggataaa aagccctgca agaacttctt ctggaaaacc ttctcctcgt
      361 gcaagtagcc cgagcctgac cggagcctga ccggccaccc tgtgaatgca gccgtggcct
      421 gaataaagag tgtcaagt
//

 

其中上面后origin后面的序列,是我们用来设计的序列。

 
要点:
1、种属判断不能有错:
      Homo sapiens 代表人
      Rattus norvegicus 代表大鼠
      Mus musculus 代表小鼠
2、有别名,要判断是或者不是;
3、有受体,配体,名称中正好含这个关键词的,要判断是或者不是;
4、多个转录本时需要查找同源序列(即核酸序列相同区域);
 
 
还有其他内容,可以向BioTNT 技术部垂询:
1、启动子序列的查询; 
2、microRNA 序列的查询; 
3、SNP 序列的查询;
产品咨询:sales@biotnt.com    BioTNT订阅号:
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