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BioTNT PCR ARRAY of Human Cell Junction Pathway
    产品中心    >>  试剂    >>  分子生物学试剂    >>  PCR Array 关   闭
PCR ARRAY of Human Cell Junction Pathway
分类:PCR Array
品牌:BioTNT
货号:A2020A0029H
原价:6010
现价:¥4621.60    节省:¥1388
特异性种属:human
规格:384孔/板
产地:BioTNT
产品参数

一、产品介绍:


PCR Array

 

 

BioTNT qPCR Array专为检测不同组织或细胞中特定基因的表达量而设计,这些基因按照预制或定制要求成套设置。检测结果所显示的表达差异可帮助研究者鉴定或验证这些基因的生物学意义,以及与其研究的重要相关性。

对于目录(预制)产品,每块384孔板包含84对PCR引物,可以进行4个样本单孔或者两个样本双复的实验。这些引物全部经过预先验证,并包被于指定的板孔中。在同一块96孔板上,有12个(384孔板有48个)反应孔包被了不同类型的对照,用以检测从反转录到qPCR整个过程的反应效率。

逆转录试剂和以荧光染料SYBR?Green 为基础的定量检测试剂作为被推荐的RT-qPCR试剂产品可与qPCR Array配套使用。该系列试剂均经过优化,具有高的灵敏度、效率和特异性。其他公司的类似试剂可能适用,但未验证过,不推荐使用。

 

产品优势


BioTNT QPCR芯片特点:

灵敏度高,样本使用量低

线性范围广,可同时检测表达水平差异大的基因

每个基因的检测引物优化后保证高扩增率和产物单一

重复性高,Ct值的平均差异只有0.25个循环

覆盖范围广:目录产品包含通路分析、疾病研究;

定制产品可根据客户要求选择设置 
数据分析方便:专用软件方便数据统计与分析

 

产品说明

 

   

PCR Array introduction:The Human Cell Junction PathwayFinder RT2 Profiler PCR Array profiles the expression of 84 key genes encoding components of various subcellular macromolecular structures connecting cells to each other or to the extracellular matrix (ECM). Cell junctions include focal adhesions, tight junctions, gap junctions, adherens junctions, desmosomes, and hemidesmosomes, and each one plays a specific role in adhesion, communication, and transduction of mechanical force. Tight junctions seal adjacent epithelial cells together, preventing the passage of most dissolved molecules as well as membrane-bound lipids and proteins between the apical and basolateral epithelial surfaces. Adjacent cells communicate through gap junctions that allow ions and small molecules to pass between their cytoplasms. Adherens junctions and desmosomes form around cadherin-mediated cell–cell contacts, while focal adhesions and hemidesmosomes form around integrin-mediated cell–ECM contacts. Adherens junctions and focal adhesions connect the intracellular domains of their cell surface receptors to actin filaments, while the desmosomes and hemidesmosomes connect to intermediate filaments. Although specific cell junctions predominate in certain cell types, all cells interact with their environment via more than one or even all of these junctions. Analyzing the expression of junction components can help determine their relative importance to the biology of the cellular or disease processes under study. Follow-up studies with arrays specific to the relevant junctions can then further explore the junctions’ roles in cell biology. Using real-time PCR, research studies can easily and reliably analyze the expression of a focused panel of genes involved in cell-cell and cell-ECM junctions with this array.

 



二.运输和储存条件:


4度运输。

-20°C储存至少6个月;

 

 

三.适用仪器:


lifetechnoliges(原ABI) 7900, Viaa 7 等可使用384微孔板的QPCR 仪器。

也可以定制其他机器形式:

Biotnt 可提供多种与以下qPCR仪器匹配的qPCR array类型。

重要提示:在订购前,请根据您的qPCR仪器型号选购合适的array类型;在收到产品后,请及时确认收到的array是否与您的qPCR仪器匹配。如果您的仪器类型不在下表所列类型中,请及时联系本公司技术支持咨询。

 

plate format

Instrument provider

QPCR instrument model

A(384well)

lifetechnologies

7900,ViiA7(384 well block)

B(96 well)

lifetechnologies

7300,7500,7700,7900(standard 96well),ViiA7(standard 96well)

C(96 well)

lifetechnologies

7500(fast block),7900HT(fast block),stepone plus,ViiA 7(Fast block)

D(96 well)

Biorad

iCycler,MyiQ, iQ5

E(96 well)

Biorad

CFX96,DNA Engine opticon,opticon 2,Chromo4

 

四.质量标准(QC


1. biotnt gene qPCR array中检测的基因引物,经实验验证结果分析,融解曲线均呈单一锐锋,电泳条带均呈单一条带,说明这些引物均是特异扩增引物,验证合格。

2. PTC(阳性对照)反应孔,从融解曲线上分析均呈单一锐锋,从扩增曲线上分析,CT值介于18~22之间。

3. RTC(spike-in反转录对照)反应孔,从融解曲线上分析均呈单一锐锋,从扩增曲线上分析,CT值介于17~23之间。

4. HGDC 的CT 值应大于35,说明样本中没有基因组污染。

5. RTC和 PTC的三重复CT 值应比较接近,说明实验重复性好。

6. 板与板之间(批内)重复性达0.99以上,具有高度重复性。

 

 

五.基因(引物)排布 :

每一个样本区里的基因排列如下:

 

 

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

A

基因1

基因2

基因3

基因4

基因5

基因6

基因7

基因8

基因9

基因10

基因11

基因12

B

基因13

基因14

基因15

基因16

基因17

基因18

基因19

基因20

基因21

基因22

基因23

基因24

C

基因25

基因26

基因27

基因28

基因29

基因30

基因31

基因32

基因33

基因34

基因35

基因36

D

基因37

基因38

基因39

基因40

基因41

基因42

基因43

基因44

基因45

基因46

基因47

基因48

E

基因49

基因50

基因51

基因52

基因53

基因54

基因55

基因56

基因57

基因58

基因59

基因60

F

基因61

基因62

基因63

基因64

基因65

基因66

基因67

基因68

基因69

基因70

基因71

基因72

G

基因73

基因74

基因75

基因76

基因77

基因78

基因79

基因80

基因81

基因82

基因83

基因84

H

HK1

HK2

HK3

GDC

GDC

GDC

RTC

RTC

RTC

PTC

PTC

PTC

 

& 基因引物:84个反应孔(从A排到G排)已预先交联好特异基因引物(详见基因引物列表)。

HK1-3:3条已交联的管家基因(内参)引物,可作为array数据标准化过程中样品的阳性对照。

&GDC:基因组DNA对照,可用于qPCR反应体系中是否有基因组DNA污染。

RTC:spike-in反转录对照,可用于检测RT反应的效率。这些已交联的引物可特异性扩增样品中外源性spike-in RNA反转录形成的cDNA模板。

PTC:阳性PCR对照,已交联DNA阳性质粒模板,主要用于实时监测array反应板的PCR扩增效率。

 

 

基因信息列表


  Symbol GeneBank
基因1  CAV1  NM_001753
基因2  CAV2  NM_001233
基因3  CAV3  NM_001234
基因4  CDH1  NM_004360
基因5  CDH2  NM_001792
基因6  CLDN1  NM_021101
基因7  CLDN10  NM_182848
基因8  CLDN11  NM_005602
基因9  CLDN12  NM_012129
基因10  CLDN14  NM_144492
基因11  CLDN15  NM_014343
基因12  CLDN16  NM_006580
基因13  CLDN17  NM_012131
基因14  CLDN18  NM_016369
基因15  CLDN19  NM_148960
基因16  CLDN2  NM_020384
基因17  CLDN3  NM_001306
基因18  CLDN4  NM_001305
基因19  CLDN5  NM_003277
基因20  CLDN6  NM_021195
基因21  CLDN7  NM_001307
基因22  CLDN8  NM_199328
基因23  CLDN9  NM_020982
基因24  DLL1  NM_005618
基因25  DSC1  NM_004948
基因26  DSC2  NM_004949
基因27  DSC3  NM_001941
基因28  DSG1  NM_001942
基因29  DSG2  NM_001943
基因30  DSG3  NM_001944
基因31  DSG4  NM_177986
基因32  DSP  NM_004415
基因33  DST  NM_015548
基因34  ESAM  NM_138961
基因35  F11R  NM_016946
基因36  GJA1  NM_000165
基因37  GJA3  NM_021954
基因38  GJA4  NM_002060
基因39  GJA5  NM_181703
基因40  GJA8  NM_005267
基因41  GJB1  NM_000166
基因42  GJB2  NM_004004
基因43  GJB3  NM_024009
基因44  GJB4  NM_153212
基因45  GJB5  NM_005268
基因46  GJB6  NM_006783
基因47  GJC2  NM_020435
基因48  GJD2  NM_020660
基因49  GJC3  NM_181538
基因50  ICAM1  NM_000201
基因51  ICAM2  NM_000873
基因52  ITGA1  NM_181501
基因53  ITGA2  NM_002203
基因54  ITGA3  NM_002204
基因55  ITGA4  NM_000885
基因56  ITGA5  NM_002205
基因57  ITGA6  NM_000210
基因58  ITGA7  NM_002206
基因59  ITGA8  NM_003638
基因60  ITGA9  NM_002207
基因61  ITGAL  NM_002209
基因62  ITGAM  NM_000632
基因63  ITGAV  NM_002210
基因64  ITGB1  NM_002211
基因65  ITGB2  NM_000211
基因66  ITGB3  NM_000212
基因67  ITGB4  NM_000213
基因68  ITGB5  NM_002213
基因69  ITGB6  NM_000888
基因70  JAM2  NM_021219
基因71  JAM3  NM_032801
基因72  JUP  NM_002230
基因73  NOTCH1  NM_017617
基因74  NOTCH2  NM_024408
基因75  NOTCH3  NM_000435
基因76  NOTCH4  NM_004557
基因77  OCLN  NM_002538
基因78  PLEC  NM_000445
基因79  PVRL1  NM_002855
基因80  PVRL2  NM_002856
基因81  PVRL3  NM_015480
基因82  TJP1  NM_175610
基因83  TJP2  NM_004817
基因84  TJP3  NM_014428

1.     任何一台能够做QPCR的仪器据能够做PCRarray吗?

回答:基本上任意一台的QPCR 仪器都可以进行QPCR array的实验。

BioTNT根据仪器采用的96孔或者384孔板,分为以下5种板型(plate format

plate format

Instrument provider

QPCR instrument model

A(384well)

lifetechnologies

7900ViiA7(384 well block)

B(96 well)

lifetechnologies

7300,7500,7700,7900standard 96well),ViiA7standard 96well

C(96 well)

lifetechnologies

7500(fast block)7900HTfast block),stepone plusViiA 7(Fast block)

D(96 well)

Biorad

iCyclerMyiQ, iQ5

E(96 well)

Biorad

CFX96DNA Engine opticonopticon 2Chromo4

请您在订购时提供您使用的QPCR 仪器,我们也可以为您确定plate format;如果您的仪器不在以上清单上,也可以邮件咨询我们,我们会有专业的技术人员为您确定相应的plate format

 

2. BioTNT PCR array的适用在哪里?

回答:适用现有的通路研究;

适用少样本或中等样本,多基因的QPCR 检测;

在低样本或中等样本的情况下,费用和时间远小于自行建立QPCR实验;

使用方便,操作简单,结果稳定性好;

 

3. BioTNT PCR array的优点是什么?

回答:灵敏度高,样本使用量低;

线性范围广,可同时检测表达水平差异大的基因;

每个基因的检测引物优化后保证高扩增率和产物单一;

重复性高,Ct值的平均差异只有0.25个循环;

覆盖范围广:目录产品包含通路分析、疾病研究;

定制产品可根据客户要求选择设置 
数据分析方便:专用软件方便数据统计与分析

 

4. QPCR 得到实验数据后,如何进行后续的结果分析?需要配套的仪器设备吗?

回答: 您可以用这个链接,http://www.biotnt.com/product/PCR-Array.aspx

点击分析工具,然后再点击:分析软件下载下载后进行分析。不需要特殊的分析仪器。

 

5.   BioTNT PCR array,如果自己使用,需要购买哪些配套产品?

回答:您可以用这个链接,http://www.biotnt.com/product/PCR-Array.aspx

点击相关产品;

建议除了您要使用的PCR array 产品之外,您应购买以下产品,对PCR array进行配套使用:

PCR array cDNA第一链合成试剂盒 A2010B0B03  
Real time 染料PCR PreMIX A2010A0112
建议使用高品质的抽提试剂盒,推荐型号为:

Qiagen RNeasy Mini Kit (50) 74104
RNase-Free DNase Set (50)79254 

 

6. 如果使用其他公司的抽提试剂盒,如Trizol 法抽提试剂盒,能否使用BioTNTPCR array产品?

回答:建议抽提时尽量使用高质量的样本,高质量的抽提试剂盒,并在抽提时进行DNA 去除;使用PCR array 产品前,先进行样本质量的验证。能够通过样本质量验证的样本,可以进行PCR array实验。

 

7. 如何进行PCR array 实验前的样本质量验证?

回答:为了保证PCR array实验的质量,建议在使用前先进行样本质量验证;

RNA 定量与质量控制

A.  使用无菌水(RNase-free)稀释 RNA 样本,检测 260  nm  280  nm 吸光值,A260/280 应大于 1.8

B.  使用公式A260× 40 ×稀释倍数  = XXXXμg/mL 计算 RNA 浓度。

C.  使用琼脂糖凝胶电泳检测 RNA 完整性。

D.  建议:RNA 质量测定后,逆转录得到CDNA,建议用多个内参基因自行验证CDNA 质量;

推荐购买biotnt 的样本质量验证引物套装,可以在进行QPCR 之前对样本进行验证(包含内参引物,如human beta actin GAPDH,  18sRNA)

E.  基因组DNA污染控制

每个Array板块上的GDC(Genomic  DNA  Control)反应孔专为检测每个样品进行qPCR反应时可能存在的基因组DNA污染而设置。如果该反应孔的CT值小于35,则表明存在可检测到的基因组DNA污染,应采取措施予以解决。因此,必须从RNA样品中去除基因组和其他全部残余污染物。建议采用Qiagen 柱式抽提过程中加入DNAse去除基因组污染。

建议在进行PCR array 之前购买BioTNT 样本质量验证引物套装或者单独的GDC 引物进行基因组DNA 污染控制的质量验证;验证结果CT 值如果小于35,则表明存在可检测到的基因组DNA污染,应采取措施予以解决。

 

8. 如何进行样本的调平?

回答:进行PCR array之前,对样本需要进行调平。具体调平方式为:  

1.     RNA 含量调平:实验样本的RNA 尽量调到同一水平;加入RNA free的水,调整RNA浓度;

2.   调平后的样本:通过内参引物进行验证,根据CT 值,进行二次调平。

 

9. BioTNT PCR array定制费用如何?

回答:目前BioTNT PCR array 提供您的定制,仅比预制产品增加了400/板的定制费用。您可以把您要检测的指标给我们,然后把您的仪器型号,以及sample 数量,重复数量提供给我们,我们为您设置相应的PCR array 形式,并核算相应的费用给您。

BioTNT PCR array的定制,方式灵活,1 plate起订。

详细请参考:http://www.biotnt.com/product/PCR-Array.aspx,点击定制服务

 

10.        如果我没有QPCR 仪器,BioTNT 能够提供什么服务?

回答:您可以选择BioTNT PCR array service

     详细请参考:http://www.biotnt.com/product/PCR-Array.aspx,点击service

 

 

 

 

产品咨询:sales@biotnt.com    BioTNT订阅号:
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