产品参数
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【产品简介】
生物提供的siRNA为化学合成双链小分子RNA,即用型。
【运输保存】
产品以冻干粉的形式,常温运输。收到产品后,请于-20℃~-80℃保存,冻干粉可以稳定保存一年。使用前请瞬时离心,用RNase-free Water配制成20μM储存液,分装保存于-20℃~-80℃,避免反复冻融(不超过5次)。
表1 20μM储存液的配置参考?
siRNA |
5 nmol |
20 nmol |
RNase-free Water |
250 μl |
1000 μl |
使用前须知
产品以冻干粉的形式提供,由于影响结晶形态的因素很多,产品外观有些差异,甚至形态无法用肉眼可见,此为正常现象。
为避免外界因素(包括酶,极端pH或者温度条件等)导致产品降解,所有操作请严格遵循RNA操作规则。实验过程中,产品最好于冰上放置,使用完毕后请于-20℃~-80℃小心保存。
【实验指南】
1.实验对照该如何设置?
正式实验为实验组和阴性对照组(a b ),实验组的抑制效果均需与 NC 组比较。
在预实验中设置对照组(c d ),以确认转染试剂及阴性对照无毒副作用,且对基因沉默检测指标无显著干扰影响。
如果对实验细胞转染效率不甚了解,则需要在预实验中设置对照组(d )进行转染效率检测,以确定适合的转染试剂及转染条件。
常用对照组列表:
a) 实验组:使用目的基因 siRNA 进行转染。
b) 阴性对照组( NC 组):使用阴性对照 siRNA 进行转染,用于说明 siRNA 作用的特异性,作为分析目的基因 siRNA作用的参照。
c) 正常细胞对照组( Blank 组):未经任何转染处理的细胞,用于观测整个实验过程细胞的生长状态及分析的参考。
d) 转染试剂对照组( Mock 组):使用转染试剂进行转染,但不加入 siRNA ,用于排除转染试剂对细胞可能的影响及分析参考。
e) 荧光标记转染对照组:使用荧光对照 siRNA 或转染指示剂 进行转染,用于检测当前转染条件下细胞的转染效率。
f) 阳性对照组:使用已明确有效的 siRNA 进行转染并检测沉默效率,若抑制率高则可说明转染率高且检测方法正常。
2.基因沉默效果不好,该如何改善?
1)提高转染效率
成功的转染是RNAi 实验的前提。若基因沉默效果不佳,则需先排查转染效率方面的问题,可通过检测转染效率或者采用阳性对照 siRNA 验证 RNAi 实验体系。首先 可依据转染试剂说明书进行转染条件(细胞密度,转染试剂用量,转染时间等)优化尝试,其次可尝试在其他细胞类型上进行转染。若由于实验模型限制无法使用其他细胞,可考虑更换转染试剂或转染方法(如电转)。
2)检测目的基因表达水平
若目的基因在实验细胞中的表达丰度很低,是难以得到有效的沉默的。一般目的基因与GAPDH 或 ACTB 的 ΔCt 值为10 以内,比较适合做 RNAi ,若 ΔCt 值达到 15 以上则无法得到有效的沉默效果。对于目的基因表达丰度低的情况,建议更换实验细胞。
3)优化 siRNA 浓度
siRNA在一定的丰度下才能达到 理想的作用效果,故可根据锐博生物的推荐浓度( 50nmol )进行预实验测试,再结合实验细胞系类型及目的基因的表达水平设置 siRNA 浓度梯度来优化 siRNA 最适浓度。
4)更换其他 siRNA
若确定转染效果尚佳,其他因素也分析没有问题的情况下,却没有达到理想的基因沉默效果,则可以尝试更换其他siRNA来测试。由于 RNA 本身序列特性,或者靶位点的二级结构复杂等因素,有些 siRNA 的基因沉默效果可能没有那么显著,这种情况下可以尝试更换 siRNA 。
5)检测分析方法有误
引物使用有误,检测时间点设置不合理,对照样本异常,实验样本检测数据不稳定等因素都会对后期实验数据分析造成影响,此类问题需根据具体的问题有针对性地进行分析调整。
6)其它原因
如目的基因的表达调控特性导致其难以沉默,并已排除转染方法,转染效率,基因表达水平及siRNA 浓度等方面的问题,并尝试过 5 对以上 siRNA ,则应考虑更换细胞进行尝试。